Labsim fue creado en 2005, gracias al fondo sectorial Semarnat-Conacyt que permitió la construcción de instalaciones y adquisición de equipo. Desde su inicio, el laboratorio se enfocó en el estudio de especies exóticas e invasoras, taxonomía y ecología de poliquetos, biodiversidad marina y costera, y sistemática del bentos (organismos que habitan el fondo marino).