Por alguna extraña razón el fichero de configuración de named del nuevo sitio Wirtualmin si lo escribía en la ruta /var/named/elchinchonero.es.hosts pero también debía escribirlo en /var/named/chroot/var/named/elchinchonero.es.hosts y como propietario named:named. Una vez creado este fichero /var/named/chroot/var/named/elchinchonero.es.hosts con los mismos datos del /var/named/elchinchonero.es.hosts y reiniciando named el servidor ha arrancado con normalidad.